1508 kam noch das Mondseegebiet dazu. Oberösterreich war einem landesfürstlichen Landrichter (später Landeshauptmann) unterstellt. Es erhielt ein eigenes Landesrecht. Mehrere kleine Städte entstanden. Das Handwerk entwickelte sich. Die Städte schützten sich mit Mauern und Wassergräben.

Den Bauern ging es sehr schlecht. Ihre Lebenssituation war mehr als schwierig. Sie mussten hart arbeiten und den größten Teil ihrer Ernte abliefern. Sie waren nicht frei sondern mussten dem jeweiligen Grundherrn dienen und hohe Steuern zahlen. Sie durften ohne Genehmigung des Herrn nicht heiraten, übersiedeln oder einen anderen Beruf ausüben. 

Die Bauern durften auch nicht einmal ihre Religion frei wählen. Die Bauern verarmten immer mehr und wurden immer unzufriedener.

Aus dieser Unzufriedenheit heraus kam es 1626 zu den Bauernkriegen.

Im oberösterreichischen Bauernkrieg kämpften die Bauern für ihren Glauben und gegen die Pfandzahlungen, die sie an Bayern zu leisten hatten. 

Die Stimmung war nach dem Frankenburger Würfelspiel mehr als schlecht und so gelang es den Bauern unter ihrem Anführer Stefan Fadinger viele Städte zu erobern. Nachdem aber ihre Anführer in Linz im Kampf gefallen waren, wurde ihr Aufstand blutig niedergeschlagen und die teilnehmenden Bauern wurden schwer bestraft.